C. botulinum lần đầu tiên được công nhận và phân lập vào năm 1895 bởi Emile van Ermengem từ giăm bông chữa bệnh tại nhà có liên quan đến bùng phát bệnh ngộ độc.[19] Loại phân lập ban đầu được đặt tên là Bacillus botulinus, theo từ tiếng Latin của xúc xích, botulus. ("Ngộ độc xúc xích" là một vấn đề phổ biến ở Đức vào thế kỷ 18 và 19, và rất có thể là do ngộ độc thịt) [20] Tuy nhiên, các chủng phân lập từ các đợt bùng phát tiếp theo luôn được phát hiện là các giả bào tử kỵ khí, vì vậy Ida A. Bengtson đề xuất rằng sinh vật được xếp vào chi Clostridium, vì chi Bacillus bị giới hạn ở các que hình thành bào tử hiếu khí.[21]

Kể từ năm 1959, tất cả các loài sinh ra độc tố thần kinh botulinum (loại AG) đều được chỉ định là C. botulinum. Có bằng chứng về kiểu hình và kiểu gen đáng kể để chứng minh tính không đồng nhất trong loài. Điều này đã dẫn đến việc phân loại lại các chủng C. botulinum loại G thành một loài mới, C. argentinense.[22]

Các chủng C. botulinum nhóm I không tạo ra độc tố botulin được gọi là C. sporogenes.[23]

Bộ gen hoàn chỉnh của C. botulinum đã được giải trình tự tại Viện Wellcome Trust Sanger vào năm 2007.[24]